Popularita border kolií narůstá, v plemenné knize je u nás oficiálně registrováno zhruba 3500 psů s průkazem původu. A stejně se jako módnost podepsala už dříve na zdraví jiných plemen, nebezpečí teď hrozí i border koliím. Někteří "chovatelé" doslova produkují štěňata ve velkém a pod značkou "bez PP" je nabízejí slevychtivým zájemcům. Samozřejmě, že chovají na nevhodných fenách - neuchovněných, mladých, nakrývaných brzy po sobě, na zvířatech bez řádného vyšetření kloubů a očí, bez ohledu na dědičné choroby a na povahové vlastnosti. Bohužel, dokud bude poptávka po takových psech, budou se rodit štěňata s problémy psychickými i zdravotními, přičemž slepota i dysplazie kyčelních kloubů se projeví někdy dřív, jindy až po čase, ostatně stejně jako hyperaktivita, nervozita, kousavost, štěkavost…, což všechno ve svém výsledku ovlivní obraz border kolií v očích veřejnosti.
Perspektivní a po všech stránkách zdravá štěňata se mohou narodit jen z plánovaných spojení doporučených poradcem chovu, z obou rodičů posouzených bonitační komisí, s příslušnými zdravotními testy a vynikající povahou, z fen, kterým umožňuje chovatelský klub krytí maximálně jednou ročně.

Pro udržení zdraví v chovu jsou prováděny povinné zdravotní testy (povinné pro členy klubu chovatelů border kolií, kde je však členství dobrovolné - proto je nutné pečlivě vybírat mezi chovateli). Testují se CEA, PRA a DKK. Zvířata, která nedosáhnou na požadované výsledky, jsou vyřazena z chovu.
CEA (Collie Eye Anomaly) je dědičný nevyléčitelný defekt zadní stěny oční bulvy, PRA (Progressive Retinal Atroph) způsobuje odumírání světločivných buněk a DKK (a také DLK) je nejen majitelům border kolií dobře známá dysplazie kyčelních, případně loketních kloubů.
Border kolie můžou postihnout i další choroby. TNS (Trapped Neutrophil Syndrome) je dědičné smrtelné selhání imunitního systému, MDR1 (Multidrug Resistence Gene) je geneticky daná přecitlivělost na určité látky obsažené i v běžných léčivech a antiparaziticích, která způsobuje potenciálně smrtelnou neurotoxicitu.

Plemeno border kolie je však všeobecně velmi zdravé a dlouhověké plemeno, které se bez větších problémů dožívá patnácti i více let.